แนวปะการังหมู่เกาะสิมิลันเกือบทั้งหมดเป็นแนวปะการังน้ำลึก
ไม่มีขอบแนวที่แน่นอน
ด้านติดฝั่งเป็นพื้นทรายก่อนลาดเอียงสู่ท้องทะเลอย่างรวดเร็ว
มีปะการังอยู่เป็นกลุ่ม
ไม่กระจัดกระจายเหมือนแนวปะการังทั่วไป
มีความหลากหลายของชนิดปะการังมาก
เช่น ปะการังเขากวาง
ปะการังลายดอกไม้
ปะการังหนวดถั่ว
ปะการังลูกโป่งเล็ก
ปะการังสีส้ม
ปะการังดอกเห็ด
ปะการังสมอง
ปะการังนิ้วมือ ฯลฯ
นอกจากปะการังแล้ว
ยังมีสิ่งมีชิวิตอื่นที่อาศัยร่วมอยู่ในแนวปะการังอีกหลายชนิด
มี่สามารถพบได้ทั่วไป
ได้แก่ ปะการังไฟ แส้ทะเล
พรมทะเล ดอกไม้ทะเล
ปะการังอ่อน
ปะการังสีน้ำเงิน
กัลปังหา ปากกาทะเล
สาหร่ายพวงองุ่น ดาวหมอน
ดาวหนาม หอยมือเสือ
หอยสังข์ปากแตร
หอยเต้าปูนหมึก
กุ้งมังกร ปูเสฉวน ฯลฯ
สัตว์น้ำในกลุ่มของปลาในหมู่เกาะสิมิลันพบมากมีความหลากชนิดถึง
110 ชนิด ได้แก่ ฉลามวาฬ
โรนัน กระเบนราหู
ปลาอมไข่ ปลากะรัง
ปลากะพง ปลาสีกุน
ปลาสร้อยนกเขา ปลาโนรี
ปลาผีเสื้อ ปลานกขุนทอง
ปลาสาก ปลาวัว
และปลาปากแตร เป็นต้น