วัดสมณโกฏฐาราม
สันนิษฐานว่าสร้างในสมัยอยุธยาตอนต้น
และปฏิสังขรณ์ขึ้นใหม่ในสมัยอยุธยาตอนปลายโดยเจ้าพระยาโกษา (เหล็ก)
และเจ้าพระยาโกษา (ปาน) อาจเป็นในช่วงสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช
ในจดหมายเหตุของแกมเฟอร์
แพทย์ชาวเยอรมันที่ทำงานในบริษัทอีสต์อินเดียของฮอลันดาเดินทางเข้ามากรุงศรีอยุธยาเมื่อ
พ.ศ. 2233 ในรัชกาลสมเด็จพระเวัดสมณโกฎฐาราม
ปัจจุบันเป็นวัดที่มีพระสงฆ์จำพรรษาอยู่โดยสร้างเสนาสนะอยู่ทางทิศใต้ของโบราณสถาน
ไม่ปรากฏหลักฐานเอกสารเกี่ยวกับประวัติการสร้างวัดนี้ ในจดหมายเหตุแกมเฟอร์
ระบุว่าได้รับการบูรณะโดยเจ้าพระยาโกษาเหล็ก
ในสมัยสมเด็จพระนาราญณ์ฯ โดยเรียกชื่อว่า
"วัดพระยาพระคลัง"
และระบุว่าสมเด็จพระเพทราชาเสด็จไปพระราชทานเพลิงศพเจ้าแม่พระดุสิตซึ่งเป็นมารดาของเจ้าพระยาโกษาธิบดี
(เหล็ก) และเจ้าพระยาโกษาธิบดีร (ปาน) ซึ่งเป็นพระนมของสมเด็จพระนารายณ์ฯ
เมื่อปีพ.ศ. 2233 ที่วัสมณโกฏฐาราม นี้ด้วย
จึงพอสันนิษฐานได้ว่าวัดนี้น่าจะเป็นวัดที่
เจ้าพระยาโกษาธิบดีทั้งสองท่านปฏิสังขรณ์เพื่อให้เป็นวัดประจำตะกูล
ภายในวัดที่ประกอบด้วยฐานปรางค์ขนาดใหญ่ล้อมด้วยระเบียงคดรูปสี่เหลี่ยม
จากการขุดแต่งพบว่าปรางค์ดังกล่าวเป็นปรางค์ที่สร้างขึ้นในราวปลายสมัยอยุธยาตอนกลาง
ซึ่งสร้างขอบทับเจดีย์ทรงระฆังกลมที่ตั้งอยู่บนลานประทักษิณที่ต่อเชื่อมกับเจดีย์ประจำมุมทั้งสี่และมีกำแพงแก้วล้อมรอบอีกชั้นหนึ่ง
อันเป็นงานที่สร้างขึ้นในสมัยอยุธยาตอนต้นไว้
ถัดออกมาทางด้านทิศตะวันออกนอกระเบียงคดมีวิหารขนาดใหญ่
ซึ่งได้รับการบูรณะเพิ่มเติมอีกครั้งในสมัยอยุธยาตอนปลาย
เช่นเดียวกับพระอุโบสถซึ่งอยู่ทางทิศตะวันตกของวัดในแนวเดียวกันพทราชา
ได้บันทึก
ไว้ว่าห่างจากตัวเมืองไปทางตะวันออกมีวัดที่มีชื่อเสียงแห่งหนึ่งเรียกว่า
"วัดพระยาคลัง"
แผนผังที่นายแกมเฟอร์เขียนประกอบไว้ปรากฏว่าเป็นวัดสมณโกฏฐารามและวัดกุฎีดาว
และยังระบุว่าสมเด็จพระเพทราชาได้เสด็จไปที่วัดนี้เพื่อราชทานเพลิงศพเจ้าแม่ดุสิตซึ่งเป็นมารดาของเจ้าพระยาโกษา
(เหล็ก) และเจ้าพระยาโกษา (ปาน)
และยังเป็นพระแม่นมของสมเด็จพระนารายณ์มหาราชเมื่อ พ.ศ. 2233
นอกจากนี้ยังมี เจดีย์ระฆังขนาดใหญ่ ตั้งอยู่ระหว่างพระปรางค์และพระอุโบสถ
สันนิษฐานว่าน่าจะมีมาแต่แรกเริ่มการสร้างวัดตามลักษณะของเจดีย์และลวดลายที่ประดับอยู่บนบัลลังก์
ซึ่งโบราณสถานเหล่านี้ได้สร้างทับรากฐานอาคารเดิมอันเป็นงานที่สร้างขึ้นในสมัยอยุธยาตอนต้น
